Browsing by Author Ruan, Y.

Showing results 1 to 19 of 19
Issue DateTitleAuthor(s)
Apr-2010A genomic survey of positive selection in Burkholderia pseudomallei provides insights into the evolution of accidental virulenceNandi, T.; Ong, C.; Singh, A.P.; Boddey, J.; Atkins, T.; Sarkar-Tyson, M.; Essex-Lopresti, A.E.; Chua, H.H.; Pearson, T.; Kreisberg, J.F.; Nilsson, C.; Ariyaratne, P.; Ronning, C.; Losada, L.; Ruan, Y.; Sung, W.-K.; Woods, D.; Titball, R.W.; Beacham, I.; Peak, I.; Keim, P.; Nierman, W.C.; Tan, P. 
13-Jan-2006A global map of p53 transcription-factor binding sites in the human genomeWei, C.-L.; Wu, Q.; Vega, V.B.; Chiu, K.P.; Ng, P.; Zhang, T.; Shahab, A.; Yong, H.C.; Fu, Y.; Weng, Z.; Liu, J.; Zhao, X.D.; Chew, J.-L.; Lee, Y.L.; Kuznetsov, V.A.; Sung, W.-K.; Miller, L.D.; Lim, B.; Liu, E.T.; Yu, Q.; Ng, H.-H. ; Ruan, Y.
10-Mar-2012BatMeth: improved mapper for bisulfite sequencing reads on DNA methylationLim, J.-Q.; Tennakoon, C.; Li, G.; Wong, E.; Ruan, Y.; Wei, C.-L.; Sung, W.-K. 
2011CTCF-mediated functional chromatin interactome in pluripotent cellsHandoko, L.; Xu, H.; Li, G.; Ngan, C.Y.; Chew, E.; Schnapp, M.; Lee, C.W.H.; Ye, C.; Ping, J.L.H.; Mulawadi, F.; Wong, E.; Sheng, J.; Zhang, Y.; Poh, T.; Chan, C.S.; Kunarso, G.; Shahab, A.; Bourque, G.; Cacheux-Rataboul, V.; Sung, W.-K. ; Ruan, Y.; Wei, C.-L.
2012Exome sequencing of gastric adenocarcinoma identifies recurrent somatic mutations in cell adhesion and chromatin remodeling genesZang, Z.J.; Cutcutache, I. ; Poon, S.L.; Zhang, S.L.; Mcpherson, J.R.; Tao, J.; Rajasegaran, V.; Heng, H.L.; Deng, N. ; Gan, A.; Lim, K.H.; Ong, C.K.; Huang, D.; Chin, S.Y. ; Tan, I.B.; Ng, C.C.Y.; Yu, W.; Wu, Y.; Lee, M.; Wu, J.; Poh, D.; Wan, W.K.; Rha, S.Y.; So, J.; Salto-Tellez, M. ; Yeoh, K.G.; Wong, W.K.; Zhu, Y.-J.; Futreal, P.A.; Pang, B.; Ruan, Y.; Hillmer, A.M.; Bertrand, D.; Nagarajan, N.; Rozen, S. ; Teh, B.T.; Tan, P. 
2012Extensive promoter-centered chromatin interactions provide a topological basis for transcription regulationLi, G.; Ruan, X.; Auerbach, R.K.; Sandhu, K.S.; Zheng, M.; Wang, P.; Poh, H.M.; Goh, Y.; Lim, J.; Zhang, J.; Sim, H.S.; Peh, S.Q.; Mulawadi, F.H.; Ong, C.T.; Orlov, Y.L.; Hong, S.; Zhang, Z.; Landt, S.; Raha, D.; Euskirchen, G.; Wei, C.-L.; Ge, W.; Wang, H.; Davis, C.; Fisher-Aylor, K.I.; Mortazavi, A.; Gerstein, M.; Gingeras, T.; Wold, B.; Sun, Y.; Fullwood, M.J.; Cheung, E.; Liu, E.; Sung, W.-K. ; Snyder, M.; Ruan, Y.
2007Fusion transcripts and transcribed retrotransposed loci discovered through comprehensive transcriptome analysis using Paired-End diTags (PETs)Ruan, Y.; Hong, S.O.; Siew, W.C.; Kuo, P.C.; Xiao, D.Z.; Srinivasan, K.G.; Yao, F.; Chiou, Y.C.; Liu, J.; Ariyaratne, P.; Bin, W.G.W.; Kuznetsov, V.A.; Shahab, A.; Sung, W.-K. ; Bourque, G.; Palanisamy, N.; Wei, C.-L.
17-Aug-2007Genome-wide Mapping of RELA(p65) Binding Identifies E2F1 as a Transcriptional Activator Recruited by NF-κB upon TLR4 ActivationLim, C.-A.; Yao, F.; Wong, J.J.-Y.; George, J.; Xu, H.; Chiu, K.P.; Sung, W.-K. ; Lipovich, L.; Vega, V.B.; Chen, J.; Shahab, A.; Zhao, X.D.; Hibberd, M.; Wei, C.-L.; Lim, B.; Ng, H.-H. ; Ruan, Y.; Chin, K.-C.
13-Jun-2008Integration of External Signaling Pathways with the Core Transcriptional Network in Embryonic Stem CellsChen, X.; Xu, H.; Yuan, P.; Fang, F.; Huss, M.; Vega, V.B.; Wong, E.; Orlov, Y.L.; Zhang, W.; Jiang, J.; Loh, Y.-H.; Yeo, H.C.; Yeo, Z.X.; Narang, V.; Govindarajan, K.R.; Leong, B.; Shahab, A.; Ruan, Y.; Bourque, G.; Sung, W.-K.; Clarke, N.D.; Wei, C.-L.; Ng, H.-H. 
2010International network of cancer genome projectsHudson, T.J.; Anderson, W.; Aretz, A.; Barker, A.D.; Bell, C.; Bernabé, R.R.; Bhan, M.K.; Calvo, F.; Eerola, I.; Gerhard, D.S.; Guttmacher, A.; Guyer, M.; Hemsley, F.M.; Jennings, J.L.; Kerr, D.; Klatt, P.; Kolar, P.; Kusuda, J.; Lane, D.P.; Laplace, F.; Lu, Y.; Nettekoven, G.; Ozenberger, B.; Peterson, J.; Rao, T.S.; Remacle, J.; Schafer, A.J.; Shibata, T.; Stratton, M.R.; Vockley, J.G.; Watanabe, K.; Yang, H.; Yuen, M.M.F.; Knoppers, B.M.; Bobrow, M.; Cambon-Thomsen, A.; Dressler, L.G.; Dyke, S.O.M.; Joly, Y.; Kato, K.; Kennedy, K.L.; Nicolás, P.; Parker, M.J.; Rial-Sebbag, E.; Romeo-Casabona, C.M.; Shaw, K.M.; Wallace, S.; Wiesner, G.L.; Zeps, N.; Lichter, P.; Biankin, A.V.; Chabannon, C.; Chin, L.; Clément, B.; Alava, E.D.; Degos, F.; Ferguson, M.L.; Geary, P.; Hayes, D.N.; Johns, A.L.; Kasprzyk, A.; Nakagawa, H.; Penny, R.; Piris, M.A.; Sarin, R.; Scarpa, A.; De Vijver, M.V.; Futreal, P.A.; Aburatani, H.; Bayés, M.; Bowtell, D.D.L.; Campbel, P.J.; Estivill, X.; Grimmond, S.M.; Gut, I.; Hirst, M.; López-Otý́n, C.; Majumder, P.; Marra, M.; McPherson, J.D.; Ning, Z.; Puente, X.S.; Ruan, Y.; Stunnenberg, H.G.; Swerdlow, H.; Velculescu, V.E.; Wilson, R.K.; Xue, H.H.; Yang, L.; Spellman, P.T.; Bader, G.D.; Boutros, P.C.; Flicek, P.; Getz, G.; Guigó, R.; Guo, G.; Haussler, D.; Heath, S.; Hubbard, T.J.; Jiang, T.; Jones, S.M.; Li, Q.; López-Bigas, N.; Luo, R.; Muthuswamy, L.; Ouellette, B.F.F.; Pearson, J.V.; Quesada, V.; Raphael, B.J.; Sander, C.; Speed, T.P.; Stein, L.D.; Stuart, J.M.; Teague, J.W.; Totoki, Y.; Tsunoda, T.; Valencia, A.; Wheeler, D.A.; Wu, H.; Zhao, S.; Zhou, G.; Lathrop, M.; Thomas, G.; Yoshida, T.; Axton, M.; Gunter, C.; Miller, L.J.; Zhang, J.; Haider, S.A.; Wang, J.; Yung, C.K.; Cross, A.; Liang, Y.; Gnaneshan, S.; Guberman, J.; Hsu, J.; Chalmers, D.R.C.; Hasel, K.W.; Kaan, T.S.H. ; Lowrance, W.W.; Masui, T.; Rodriguez, L.L.; Vergely, C.; Bowtel, D.D.L.; Cloonan, N.; DeFazio, A.; Eshleman, J.R.; Etemadmoghadam, D.; Gardiner, B.A.; Kench, J.G.; Sutherland, R.L.; Tempero, M.A.; Waddell, N.J.; Wilson, P.J.; Gallinger, S.; Tsao, M.-S.; Shaw, P.A.; Petersen, G.M.; Mukhopadhyay, D.; DePinho, R.A.; Thayer, S.; Shazand, K.; Beck, T.; Sam, M.; Timms, L.; Ballin, V.; Ji, J.; Zhang, X.; Chen, F.; Hu, X.; Yang, Q.; Tian, G.; Zhang, L.; Xing, X.; Li, X.; Zhu, Z.; Yu, Y.; Yu, J.; Tost, J.; Brennan, P.; Holcatova, I.; Zaridze, D.; Brazma, A.; Egevad, L.; Prokhortchouk, E.; Banks, R.E.; Uhlén, M.; Viksna, J.; Ponten, F.; Skryabin, K.; Futrea, P.A.; Birney, E.; Borg, A.; Børresen-Dale, A.-L.; Caldas, C.; Foekens, J.A.; Martin, S.; Reis-Filho, J.S.; Richardson, A.L.; Sotiriou, C.; Veer, L.V.; Birnbaum, D.; Blanche, H.; Boucher, P.; Boyault, S.; Masson-Jacquemier, J.D.; Pauporté, I.; Pivot, X.; Vincent-Salomon, A.; Tabone, E.; Theillet, C.; Treilleux, I.; Bioulac-Sage, P.; Decaens, T.; OiseDegos, F.; Franco, D.; Gut, M.; Samuel, D.; Zucman-Rossi, J.; Eils, R.; Brors, B.; Korbe, J.O.; Korshunov, A.; Landgraf, P.; Lehrach, H.; Pfister, S.; Radlwimmer, B.; Reifenberger, G.; Taylor, M.D.; Kalle, C.V.; Majumder, P.P.; Rao, T.S.; Pederzoli, P.; Lawlor, R.T.; Delledonne, M.; Bardelli, A.; Gress, T.; Klimstra, D.; Zamboni, G.; Nakamura, Y.; Miyano, S.; Fujimoto, A.; Campo, E.; Sanjosé, S.D.; Montserrat, E.; González-Dý́az, M.; Jares, P.; Himmelbaue, H.; Bea, S.; Aparicio, S.; Easton, D.F.; Collins, F.S.; Compton, C.C.; Lander, E.S.; Burke, W.; Green, A.R.; Hamilton, S.R.; Kallioniemi, O.P.; Ley, T.J.; Liu, E.T.; Wainwright, B.J.
Jan-2004Interrogating the transcriptomeRuan, Y.; Le Ber, P.; Hui Ng, H. ; Liu, E.T.
2012Large-Scale Functional Organization of Long-Range Chromatin Interaction NetworksSandhu, K.S.; Li, G.; Poh, H.M.; Quek, Y.L.K.; Sia, Y.Y.; Peh, S.Q.; Mulawadi, F.H.; Lim, J.; Sikic, M.; Menghi, F.; Thalamuthu, A.; Sung, W.K. ; Ruan, X.; Fullwood, M.J.; Liu, E.; Csermely, P.; Ruan, Y.
2007Pathway aberrations of murine melanoma cells observed in Paired-End diTag transcriptomesChiu, K.P.; Ariyaratne, P.; Xu, H.; Tan, A.; Ng, P.; Liu, E.T.-B.; Ruan, Y.; Wei, C.-L.; Sung, W.-K.K. 
2006PET-tool: A software suite for comprehensive processing and managing of Paired-End diTag (PET) sequence dataChiu, K.P.; Wong, C.-H.; Chen, Q. ; Ariyaratne, P.; Ooi, H.S.; Wei, C.-L.; Sung, W.-K.K. ; Ruan, Y.
Apr-2006The Oct4 and Nanog transcription network regulates pluripotency in mouse embryonic stem cellsLoh, Y.-H.; Wu, Q.; Chew, J.-L.; Vega, V.B.; Zhang, W.; Chen, X.; Bourque, G.; George, J.; Leong, B.; Liu, J.; Wong, K.-Y.; Sung, K.W.; Lee, C.W.H.; Zhao, X.-D.; Chiu, K.-P.; Lipovich, L.; Kuznetsov, V.A.; Robson, P.; Stanton, L.W.; Wei, C.-L.; Ruan, Y.; Lim, B.; Ng, H.-H. 
2012The role of government in an emerging disruptive innovation: The case of E-bike in ChinaRuan, Y.; Hang, C.C. ; Wang, Y.M.; Ma, R.F.
2005Transcriptome analysis of zebrafish embryogenesis using microarraysMathavan, S.; Lee, S.G.P.; Mak, A.; Miller, L.D.; Murthy, K.R.K.; Govindarajan, K.R.; Tong, Y. ; Wu, Y.L. ; Lam, S.H. ; Yang, H.; Ruan, Y.; Korzh, V.; Gong, Z. ; Liu, E.T.; Lufkin, T.
Jun-2007Whole-genome cartography of estrogen receptor α binding sitesLin, C.-Y.; Vega, V.B.; Thomsen, J.S.; Zhang, T.; Say, L.K.; Xie, M.; Kuo, P.C.; Lipovich, L.; Barnett, D.H.; Stossi, F.; Yeo, A.; George, J.; Kuznetsov, V.A.; Yew, K.L.; Tze, H.C.; Palanisamy, N.; Miller, L.D.; Cheung, E. ; Katzenellenbogen, B.S.; Ruan, Y.; Bourque, G.; Wei, C.-L.; Liu, E.T.
2007Whole-Genome Mapping of Histone H3 Lys4 and 27 Trimethylations Reveals Distinct Genomic Compartments in Human Embryonic Stem CellsZhao, X.D.; Han, X.; Chew, J.L.; Liu, J.; Chiu, K.P.; Choo, A.; Orlov, Y.L.; Sung, W.-K. ; Shahab, A.; Kuznetsov, V.A.; Bourque, G.; Oh, S.; Ruan, Y.; Ng, H.-H. ; Wei, C.-L.