|
| Issue Date | Title | Author(s) |
| 2010 | DA 1.0: Parameter estimation of biological pathways using data assimilation approach | Koh, C.H.; Nagasaki, M.; Saito, A.; Wong, L. ; Miyano, S. |
| 6-Oct-2011 | Frequent pathway mutations of splicing machinery in myelodysplasia | Yoshida, K.; Sanada, M.; Shiraishi, Y.; Nowak, D.; Nagata, Y.; Yamamoto, R.; Sato, Y.; Sato-Otsubo, A.; Kon, A.; Nagasaki, M.; Chalkidis, G.; Suzuki, Y.; Shiosaka, M.; Kawahata, R.; Yamaguchi, T.; Otsu, M.; Obara, N.; Sakata-Yanagimoto, M.; Ishiyama, K.; Mori, H.; Nolte, F.; Hofmann, W.-K.; Miyawaki, S.; Sugano, S.; Haferlach, C.; Koeffler, H.P. ; Shih, L.-Y.; Haferlach, T.; Chiba, S.; Nakauchi, H.; Miyano, S.; Ogawa, S. |
| 2020 | High-coverage whole-genome analysis of 1220 cancers reveals hundreds of genes deregulated by rearrangement-mediated cis-regulatory alterations | Zhang, Y.; Chen, F.; Fonseca, N.A.; He, Y.; Fujita, M.; Nakagawa, H.; Zhang, Z.; Brazma, A.; Amin, S.B.; Awadalla, P.; Bailey, P.J.; Brooks, A.N.; Calabrese, C.; Chateigner, A.; Cortés-Ciriano, I.; Craft, B.; Craft, D.; Creighton, C.J.; Davidson, N.R.; Demircioglu, D.; Erkek, S.; Frenkel-Morgenstern, M.; Goldman, M.J.; Greger, L.; Göke, J.; He, Y.; Hoadley, K.A.; Hou, Y.; Huska, M.R.; Kahles, A.; Khurana, E.; Kilpinen, H.; Korbel, J.O.; Lamaze, F.C.; Lehmann, K.-V.; Li, C.; Li, S.; Li, X.; Li, X.; Liu, D.; Liu, F.; Liu, X.; Marin, M.G.; Markowski, J.; Meyerson, M.; Nandi, T.; Nielsen, M.M.; Ojesina, A.I.; Ouellette, B.F.F.; Pan-Hammarström, Q.; Park, P.J.; Pedamallu, C.S.; Pedersen, J.S.; Perry, M.D.; Rätsch, G.; Schwarz, R.F.; Shiraishi, Y.; Siebert, R.; Soulette, C.M.; Stark, S.G.; Stegle, O.; Su, H.; Tan, P. ; Teh, B.T. ; Urban, L.; Wang, J.; Waszak, S.M.; Wu, K.; Xiang, Q.; Xiong, H.; Yakneen, S.; Yang, H.; Ye, C.; Yung, C.K.; Zhang, F.; Zhang, J.; Zhang, X.; Zheng, L.; Zhu, J.; Zhu, S.; Akdemir, K.C.; Alvarez, E.G.; Baez-Ortega, A.; Beroukhim, R.; Boutros, P.C.; Bowtell, D.D.L.; Brors, B.; Burns, K.H.; Campbell, P.J.; Chan, K.; Chen, K.; Dueso-Barroso, A.; Dunford, A.J.; Edwards, P.A.; Estivill, X.; Etemadmoghadam, D.; Feuerbach, L.; Fink, J.L.; Garsed, D.W.; Gerstein, M.; Gordenin, D.A.; Haan, D.; Haber, J.E.; Hess, J.M.; Hutter, B.; Imielinski, M.; Jones, D.T.W.; Ju, Y.S.; Kazanov, M.D.; Klimczak, L.J.; Koh, Y.; Kumar, K.; Lee, E.A.; Lee, J.J.-K.; Li, Y.; Lynch, A.G.; Macintyre, G.; Markowetz, F.; Martincorena, I.; Martinez-Fundichely, A.; Miyano, S.; Navarro, F.C.P.; Ossowski, S.; Pearson, J.V.; Puiggròs, M.; Rippe, K.; Roberts, N.D.; Roberts, S.A.; Rodriguez-Martin, B.; Schumacher, S.E.; Scully, R.; Shackleton, M.; Sidiropoulos, N.; Sieverling, L.; Stewart, C.; Torrents, D.; Tubio, J.M.C.; Villasante, I.; Waddell, N.; Wala, J.A.; Weischenfeldt, J.; Yang, L.; Yao, X.; Yoon, S.-S.; Zamora, J.; Zhang, C.-Z.; PCAWG Transcriptome Working Group.; PCAWG Structural Variation Working Group.; PCAWG Consortium. |
| 2010 | International network of cancer genome projects | Hudson, T.J.; Anderson, W.; Aretz, A.; Barker, A.D.; Bell, C.; Bernabé, R.R.; Bhan, M.K.; Calvo, F.; Eerola, I.; Gerhard, D.S.; Guttmacher, A.; Zaridze, D.; Brazma, A.; Egevad, L.; Prokhortchouk, E.; Banks, R.E.; Uhlén, M.; Viksna, J.; Ponten, F.; Skryabin, K.; Laplace, F.; Jones, S.M.; Futrea, P.A.; Birney, E.; Borg, A.; Børresen-Dale, A.-L.; Caldas, C.; Foekens, J.A.; Martin, S.; Reis-Filho, J.S.; Richardson, A.L.; Sotiriou, C.; Li, Q.; Lu, Y.; Veer, L.V.; Birnbaum, D.; Blanche, H.; Boucher, P.; Boyault, S.; Masson-Jacquemier, J.D.; Pauporté, I.; Pivot, X.; Vincent-Salomon, A.; López-Bigas, N.; Tabone, E.; Nettekoven, G.; Theillet, C.; Treilleux, I.; Bioulac-Sage, P.; Decaens, T.; OiseDegos, F.; Franco, D.; Gut, M.; Samuel, D.; Luo, R.; Zucman-Rossi, J.; Eils, R.; Ozenberger, B.; Brors, B.; Korbe, J.O.; Korshunov, A.; Landgraf, P.; Lehrach, H.; Pfister, S.; Radlwimmer, B.; Muthuswamy, L.; Reifenberger, G.; Taylor, M.D.; Kalle, C.V.; Peterson, J.; Majumder, P.P.; Rao, T.S.; Pederzoli, P.; Lawlor, R.T.; Delledonne, M.; Bardelli, A.; Ouellette, B.F.F.; Gress, T.; Klimstra, D.; Zamboni, G.; Nakamura, Y.; Rao, T.S.; Miyano, S.; Fujimoto, A.; Campo, E.; Sanjosé, S.D.; Montserrat, E.; Pearson, J.V.; González-Dý́az, M.; Jares, P.; Himmelbaue, H.; Bea, S.; Aparicio, S.; Remacle, J.; Easton, D.F.; Collins, F.S.; Compton, C.C.; Lander, E.S.; Quesada, V.; Burke, W.; Green, A.R.; Hamilton, S.R.; Kallioniemi, O.P.; Ley, T.J.; Liu, E.T.; Schafer, A.J.; Wainwright, B.J.; Shibata, T.; Stratton, M.R.; Raphael, B.J.; Vockley, J.G.; Watanabe, K.; Yang, H.; Yuen, M.M.F.; Knoppers, B.M.; Bobrow, M.; Cambon-Thomsen, A.; Dressler, L.G.; Dyke, S.O.M.; Joly, Y.; Sander, C.; Kato, K.; Kennedy, K.L.; Nicolás, P.; Parker, M.J.; Rial-Sebbag, E.; Romeo-Casabona, C.M.; Shaw, K.M.; Wallace, S.; Wiesner, G.L.; Zeps, N.; Guyer, M.; Lichter, P.; Biankin, A.V.; Chabannon, C.; Chin, L.; Clément, B.; Alava, E.D.; Degos, F.; Ferguson, M.L.; Geary, P.; Hayes, D.N.; Speed, T.P.; Johns, A.L.; Kasprzyk, A.; Nakagawa, H.; Penny, R.; Piris, M.A.; Sarin, R.; Scarpa, A.; De Vijver, M.V.; Futreal, P.A.; Aburatani, H.; Stein, L.D.; Bayés, M.; Bowtell, D.D.L.; Campbel, P.J.; Estivill, X.; Grimmond, S.M.; Gut, I.; Hirst, M.; López-Otý́n, C.; Majumder, P.; Marra, M.; Stuart, J.M.; McPherson, J.D.; Ning, Z.; Puente, X.S.; Ruan, Y.; Stunnenberg, H.G.; Swerdlow, H.; Velculescu, V.E.; Wilson, R.K.; Xue, H.H.; Yang, L.; Teague, J.W.; Spellman, P.T.; Bader, G.D.; Boutros, P.C.; Flicek, P.; Getz, G.; Guigó, R.; Guo, G.; Haussler, D.; Heath, S.; Hubbard, T.J.; Totoki, Y.; Jiang, T.; Tsunoda, T.; Valencia, A.; Wheeler, D.A.; Wu, H.; Zhao, S.; Hemsley, F.M.; Zhou, G.; Lathrop, M.; Thomas, G.; Yoshida, T.; Axton, M.; Gunter, C.; Miller, L.J.; Zhang, J.; Haider, S.A.; Wang, J.; Jennings, J.L.; Yung, C.K.; Cross, A.; Liang, Y.; Gnaneshan, S.; Guberman, J.; Hsu, J.; Chalmers, D.R.C.; Hasel, K.W.; Kaan, T.S.H. ; Lowrance, W.W.; Kerr, D.; Masui, T.; Rodriguez, L.L.; Vergely, C.; Bowtel, D.D.L.; Cloonan, N.; DeFazio, A.; Eshleman, J.R.; Etemadmoghadam, D.; Gardiner, B.A.; Kench, J.G.; Klatt, P.; Sutherland, R.L.; Tempero, M.A.; Waddell, N.J.; Wilson, P.J.; Gallinger, S.; Tsao, M.-S.; Shaw, P.A.; Petersen, G.M.; Mukhopadhyay, D.; DePinho, R.A.; Kolar, P.; Thayer, S.; Shazand, K.; Beck, T.; Sam, M.; Timms, L.; Ballin, V.; Ji, J.; Zhang, X.; Chen, F.; Hu, X.; Kusuda, J.; Yang, Q.; Tian, G.; Zhang, L.; Xing, X.; Li, X.; Zhu, Z.; Yu, Y.; Yu, J.; Tost, J.; Brennan, P.; Lane, D.P.; Holcatova, I. |
| Feb-2014 | Landscape of genetic lesions in 944 patients with myelodysplastic syndromes | Haferlach, T.; Nagata, Y.; Grossmann, V.; Okuno, Y.; Bacher, U.; Nagae, G.; Schnittger, S.; Sanada, M.; Kon, A.; Alpermann, T.; Yoshida, K.; Roller, A.; Nadarajah, N.; Shiraishi, Y.; Shiozawa, Y.; Chiba, K.; Tanaka, H.; Koeffler, H.P. ; Klein, H.-U.; Dugas, M.; Aburatani, H.; Kohlmann, A.; Miyano, S.; Haferlach, C.; Kern, W.; Ogawa, S. |
| 2011 | MIRACH: Efficient model checker for quantitative biological pathway models | Koh, C.H.; Nagasaki, M.; Saito, A.; Li, C.; Wong, L. ; Miyano, S. |
| Oct-2013 | Recurrent mutations in multiple components of the cohesin complex in myeloid neoplasms | Kon, A.; Shih, L.-Y.; Minamino, M.; Sanada, M.; Shiraishi, Y.; Nagata, Y.; Yoshida, K.; Okuno, Y.; Bando, M.; Nakato, R.; Ishikawa, S.; Sato-Otsubo, A.; Nagae, G.; Nishimoto, A.; Haferlach, C.; Nowak, D.; Sato, Y.; Alpermann, T.; Nagasaki, M.; Shimamura, T.; Tanaka, H.; Chiba, K.; Yamamoto, R.; Yamaguchi, T.; Otsu, M.; Obara, N.; Sakata-Yanagimoto, M.; Nakamaki, T.; Ishiyama, K.; Nolte, F.; Hofmann, W.-K.; Miyawaki, S.; Chiba, S.; Mori, H.; Nakauchi, H.; Koeffler, H.P. ; Aburatani, H.; Haferlach, T.; Shirahige, K.; Miyano, S.; Ogawa, S. |
